Il progetto applica diversi metodi di ricerca: indagini geofisiche, analisi sedimentologiche, pedologiche, mineralogiche e micromorfologiche combinate con analisi polliniche ad alta risoluzione su stratigrafie naturali e antropiche, studi di isotopi stabili su carotaggi terrestri, analisi geochimiche su speleotemi, analisi archeobotaniche e molecolari (DNA antico) su semi/frutti sub-fossili, dendrocronologia dei resti di legno, datazioni U/Th e C14.